Zakir Naik lahir pada tanggal 18 Oktober 1965 di Mumbai (Bombay pada waktu itu), India dan merupakan keturunan Konkani.  Ia bersekolah di St. Peter's High School (ICSE) di kota Mumbai. Kemudian bergabung dengan Kishinchand Chellaram College dan mempelajari kesehatan di Topiwala National Medical College and Nair Hospital di Mumbai. Ia kemudian menerima gelar MBBS-nya di University of Mumbai. Tahun 1991 ia berhenti bekerja sebagai dokter medis dan beralih di bidang dakwah atauproselitisme Islam.

Naik telah mengadakan banyak debat dan ceramah di seluruh dunia, ia biasa mengadakannya di Mumbai, India, dan setiap tahun sejak 2007 ia memimpin Konferensi Damai 10 hari di Somaiya Ground,Sion, Mumbai dengan cendekiawan lainnya, termasuk politikus Malaysia, Anwar Ibrahim pada 2008.

Tahun 2004, Naik mengunjungi Selandia Baru  dan kemudian ibu kota Australia atas undangan Islamic Information and Services Network of Australasia. Dalam konferensinya di Melbourne, menurut jurnalis Sushi Das, "Naik memuji superioritas moral dan spiritual Islam dan mencerca kepercayaan lain dan bangsa Barat secara umum", menambahkan bahwa kata-kata Naik "mendorong jiwa keterpisahan dan memperkuat pemisahan".
Bulan 1 April 2005, Naik terlibat dalam debat dengan William Campbell, topiknya ialah Islam dan Kristen dalam konteks ilmu pengetahuan, di mana keduanya membicarakan dugaan kesalahan ilmiah di dalam kitab suci.


Naik mengatakan ia terinspirasi oleh late Ahmed Deedat  yang telah aktif di bidang dakwah selama lebih dari 40 tahun.  Menurut Naik, tujuannya adalah "berkonsentrasi pada remaja Muslim berpendidikan yang mulai meragukan agamanya sendiri dan merasa agamanya telah kuno"  dan adalah tugas setiap Muslim untuk menghilangkan kesalahpahaman tentang Islam untuk melawan apa yang ia anggap sebagai bias anti-Islam oleh media Barat setelah serangan 11 September 2001 terhadap Amerika Serikat.    Ia telah berceramah dan menulis sejumlah buku tentang Islam dan perbandingan agama  juga hal-hal yang ditujukan untuk menghapus keraguan tentang Islam.  Sejumlah artikelnya juga sering diterbitkan di majalah India seperti Islamic Voice.

Thomas Blom Hansen, seorang sosiolog yang memegang posisi akademik di berbagai universitas, telah menulis bahwa gaya Naik mengabadikan Qur'an dan hadits dalam berbagai bahasa, dan bepergian ke berbagai negara untuk membicarakan Islam bersama para teolog, telah menjadikannya sangat terkenal di lingkungan Muslim dan non-Muslim. Meskipun ia biasa berbicara kepada ratusan hadirin, dan kadang ribuan hadirin, justru rekaman video dan DVD ceramahnya yang banyak didistribusikan. Perkataannya biasa direkam dalam bahasa Inggris, untuk disiarkan pada akhir pekan di sejumlah jaringan TV kabel di lingkungan Muslim Mumbai,  dan di saluran Peace TV, which he co-promotes.    Topik yang ia bicarakan mencakup: "Islam dan Ilmu Pengetahuan Modern", "Islam dan Kristen", dan "Islam dan Sekularisme", di antara yang lain.


Khushwant Singh, seorang jurnalis India, mengatakan bahwa kata-kata Naik "kejam" dan "mereka jarang masuk debat tingkat sarjana perguruan tinggi, di mana kontestan bersaing dengan yang lainnya untuk memperoleh nilai terbaik". 

Analis politik Khaled Ahmed menganggap bahwa Zakir Naik, menurut klaim superioritas Islam terhadap keyakinan religius lain, mempraktikkan apa yang ia sebut Orientalisme mundur.   Dalam sebuah ceramah di Melbourne University, Naik mengatakan bahwa hanya Islam yang memberikan wanita kesamaan sejati.  Ia menyatakan pentingnya penutup kepala dengan menganggap bahwa "pakaian Barat yang terbuka" membuat wanita lebih mungkin mengalami pelecehan seksual. 

Tanggal 21 Januari 2006, Naik mengadakan sebuah dialog antaragama dengan Sri Sri Ravi Shankar. Acara ini mengenai konsep Tuhan dalam Islam dan Hinduisme, tujuannya ialah memberikan kesepahaman antara dua agama besar India, dan mengeluarkan kesamaan antara Islam dan Hinduisme, seperti bagaimana berhala dilarang. Diadakan di Bangalore, India dengan 50.000 orang memadatiPalace Grounds.

Bulan August 2006, kunjungan dan konferensi Naik di Cardiff (Britania Raya) menjadi obyek kontroversi ketika MP (anggota parlemen) Wales David Davies meminta acaranya dibatalkan. Ia menyebutnya seorang 'penjual kebencian', dan mengatakan pandangannya tidak pantas memperoleh 'platform publik'; Muslim dari Cardiff, mempertahankan hak berbicara Naik di kota mereka. Saleem Kidwai, Sekretaris Jenderal Muslim Council of Wales, tidak setuju dengan Davies, menyatakan bahwa "orang-orang yang mengenalnya (Naik) tahu bahwa ia adalah salah satu orang paling tidak kontroversial yang pernah ada. Ia berbicara tentang kesamaan antar agama, dan bagaimana kita harus hidup selaras dengan mereka", dan mengundang Davies untuk membicarakan lebih jauh dengan Naik secara pribadi di konferensi ini. Konferensi tetap berjalan, setelah dewan Cardiff mengatakan bahwa mereka senang apabila ia tidak berceramah dengan pandangan ekstremis. 


Setelah sebuah ceramah oleh Paus Benediktus XVI bulan September 2006, Naik menantang debat publik langsung dengannya. Sri Paus menerima ajakan ini tapi dengan satu syarat: Zakir Naik harus berpedoman Al Quran bukan kitab suci yang diwahyukan secara langsung oleh Tuhan. Sebuah syarat yang langsung mementahkan ajakan debat itu sendiri.

Bulan November 2007, IRF mengadakan konferensi dan pameran Islam internasional 10 hari bertemakanKonferensi Damai di Somaiya Ground di Mumbai. Ceramah tentang Islam dilaksanakan Naik juga dua puluh cendekiawan Islam lainnya dari seluruh dunia.

Selama salah satu ceramahnya, Naik memprovokasi kemarahan di antara anggota komunitas Syiah di konferensi itu ketika ia menyebutkan kata-kata "Radhiyallah taa'la anhu" (berarti 'Semoga Allah mengampuninya') setelah menyebut nama Yazid I dan menyebutkan bahwa Pertempuran Karbala hanya berdasarkan politik.  Lainnya mempercayai komentar ini disengaja.

Dalam terbitan 22 Februari 2009, Indian Express membuat daftar "100 Orang India Terkuat 2009" di antara satu milyar penduduk India, Zakir Naik masuk peringkat 82. Dalam daftar khusus "10 Guru Spiritual Terbaik India", Zakir Naik ada di peringkat 3, setelah Baba Ramdev dan Sri Sri Ravi Shankar, menjadi satu-satunya Muslim di daftar ini.